Le Japon est un pays montagneux et insulaire. Ces deux éléments influent fortement sur le climat et sa variabilité. Le Japon est pluvieux toute l'année.
L'île centrale, berceau de la culture nippone, est celle d'Honshu. Le climat y est tempéré avec des hivers froids et souvent secs, et des étés chauds et humides. Les meilleures saisons y sont le printemps (cerisiers en fleurs) et l'automne (couleurs pourpre et or des arbres), bien que toute l'année permette un voyage en adaptant son itinéraire.
L'hiver
Dans la zone septentrionale de l'archipel, les terres se confrontent de novembre à avril à un hiver rigoureux au vent, provenant de Sibérie orientale, froid et humide qui piégé dans le relief montagneux, donne dans tout le nord-ouest du pays d'importante chute de neige.
Inversement la partie est de l'archipel est soumise à un vent froid mais sec appelé karakaze ou vent chinois responsable d'un hiver clément voir ensoleillé et pouvant même entraîner la sécheresse.
Le printemps ou le temps des cerisiers
Il débute à la fin du mois de mars à Ryûshû pour remonter vers le nord jusqu'à Hokkaidô qu'il atteindra vers le deuxième semaine de mai. La floraison des cerisiers est un grand événement au Japon.
L'été et la saison des pluies
L'été s'installe dans tout l'archipel de juin à septembre où les températures atteignent leur extrême au mois d'août. A noter que Tokyo se trouve sur la même latitude que la ville d'Athènes. Il est possible de distinguer durant cette saison deux périodes distinctes. Une saison des pluies en juin et septembre, marquant l'entrée et la sortie de l'été, due à la remontée des vents tropicaux sur les deux versants de l'archipel. Une saison chaude et voir chaude humide au mois de juillet et août.
L'automne ou Shurin
Fin septembre lorsque les masses d'air chaud se déplacent vers le sud c'est le début des grands vents, les typhons (taifû). Cette période se termine fin octobre et la clémence du climat se poursuit jusqu'au mois de novembre.
La meilleure saison pour visiter le Japon:
D'avril à mi-juin et octobre-novembre. Éviter le « Golden Week » (fin avril - première semaine de mai).